Erstmals wird 1333 die Bonifatiuskirche (Bachkirche) am Marktplatz erwähnt. Sie ist beim großen Stadtbrand 1581 bis auf die Außenmauern niedergebrannt.

In den Jahren 1676 bis 1683 wurde sie als "Neue Kirche" unter Verwendung von altem Mauerwerk und Steinen von der abgebrochenen Jakobskirche am Ried, wiedererrichtet.

Der Orgelbaumeister Johann Friedrich Wender erstellte 1703 eine Orgel für die Neue Kirche, die der 18 -jährige Johann Sebastian Bach dann abgenommen und geprüft hat. Im Anschluss daran erhielt der junge Bach eine Anstellung als Organist und blieb so bis 1707 im Städtchen Arnstadt.
1935 wurde die „Neue Kirche“ schließlich zum 250. Geburtstag des großen Musikers in „Johann-Sebastian-Bach-Kirche“ umbenannt.

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